Remiantis Kauno marių regioninio parko direkcijos nuostatais, Kauno marių regioninio parko direkcija savo veikloje vadovaujasi:

• Aplinkos apsaugos įstatymu (priimtas 1993 m. sausio 21 d. Aukščiausiosios tarybos nutarimu Nr. I – 2223 (Žin., 1992, Nr. 5-75));
• Saugomų teritorijų įstatymu (priimtas 1993 m. lapkričio 9 d. Lietuvos Respublikos Seimo, Nr. I – 301 (Žin., 1993, Nr. 63-1188));
• Nekilnojamųjų kultūros vertybių apsaugos įstatymu (priimtas 1994 m. gruodžio 22 d. Lietuvos Respublikos Seimo, I – 733 (Žin., 1995, Nr. 3-37));
• Teritorijų planavimo įstatymu (priimtas 1995 m. gruodžio 12 d. Lietuvos Respublikos Seimo, Nr. I – 1120 (Žin., 1995, Nr. 107-2391));
• Miškų įstatymu (priimtas 1994 m. lapkričio 22 d. Lietuvos Respublikos Seimo, Nr. I – 671 (Žin., 1994, Nr. 96-1872));
• Žemės įstatymu (priimtas 1994 m. balandžio 26 d. Lietuvos Respublikos Seimo, Nr. I – 446 (Žin., 1994, Nr. 34-620));
• Biudžetinių įstaigų įstatymu (priimtas 1995 m. gruodžio 5 d. Lietuvos Respublikos Seimo, Nr. I – 1113 (Žin., 1995, Nr. 104-2322));
• Specialiosiomis žemės ir miško naudojimo sąlygomis (patvirtinti 1992 m. gegužės 12 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 343 (Žin., 1992, Nr. 22-652));
• Kauno marių regioninio parko nuostatomis (patvirtinti 1999 m. balandžio 29 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 490 (Žin., 1999, Nr. 39-1227));
• Kauno marių regioninio parko ir jo buferinės apsaugos zonų ribų planu (patvirtinta 2005 m. spalio 12 d. Lietuvos respublikos vyriausybės nutarimu Nr. 1083 (Žin., 2005, Nr. 123-4397));
• Kauno marių regioninio parko direkcijos nuostatais (patvirtinti 2004 m. gruodžio 9 d. Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos direktorės įsakymu Nr. 258V);
• Kauno marių regioninio parko apsaugos reglamentu (patvirtintas 2002 m. rugpjūčio 10 d. LR Aplinkos ministro įsakymu Nr. 416 (Žin., 2002, Nr. 86-3715));
• Kauno marių regioninio parko tvarkymo planu (patvirtintas 2006 m. kovo 7 d. LR Aplinkos ministro įsakymu Nr.D1-111 (Žin., 2006, Nr.30-1060)); 
• Aplinkos ministro ir Saugomų teritorijų tarnybos direktoriaus įsakymais;
• Lietuvos Respublikos Aplinkos ministro 2008 m. birželio 4 d. įsakymu Nr. D1-310 (Žin., 2008, Nr. 67-2540);  2007 m. birželio 21 d. įsakymu Nr. D1-352 (Žin., 2007, Nr. 75-2992) patvirtinti valstybės saugomi Gamtos paveldo objektai ir jų ribų planai);
• Lietuvos Respublikos Aplinkos ministro 2005 m. gegužės 23 d. įsakymu Nr. D1-255 (patvirtintas valstybės saugomų Gamtos paveldo objektų sąrašas).