Kauno marių regioninis parkas įsteigtas Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos 1992 m. rugsėjo 24 d. siekiant išsaugoti unikalų Kauno marių tvenkinio kraštovaizdžio kompleksą, didžiąsias atodangas, užlietas Nemuno intakų žiotis, unikalų Pažaislio vienuolyno architektūrinį kompleksą, Kauno marių gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos  komponentus,  ypač  vertingą Gastilionių  mišką su miegapelių populiacija bei kultūros paveldo vertybes, jas tvarkyti ir racionaliai naudoti. 1997 m. įkurta Kauno marių regioninio parko direkcija.

Parkas apima dalį Kauno miesto, Kauno ir Kaišiadorių rajonų teritorijų. Kauno marių regioninio parko plotas – 9869 ha. Kauno marių vanduo virš jūros lygio pakilęs 44 metrus, o aukščiausia parko vieta Pastrėvio miške – 93 m virš jūros lygio. Plačiausioje vietoje marios siekia 3,3 km, o siauriausioje – 0,3 km. Giliausia  Kauno marių vieta siekia 22 metrus, o bendras pakrančių ilgis (iki Balbieriškio) – 200 km.